阴阳学说既是人们看待事物的一种方法论和世界观，是人们的指导思想；同时它也被广泛运用于中医学，成为中医学治疗疾病的重要依据。

(1)借阴阳“剖”人体。人有阴阳之分，女性为阴，男性为阳，同时人体内部无论男女，也有阴阳之分。例如，人体的外部躯体，例如四肢、头部、胸部等为阳，而内部的五脏六腑则为阴。在人体外部，背部为阳，腹部为阴；而在五脏六腑中，大小肠、胆、胃、三焦、膀胱为阳，而肝、心、肺、脾、肾为阴。我们不但可以用阴阳区分人体的生理结构，我们还可以用阴阳来解释人体的各种生理活动：人体要进行各项生理活动，一方面要保证身体的各个部位能够发挥正常的功能，另一方面，也需要充足的能量，即丰富的营养物质。在这里，功能为阳，营养物质为阴，它们也是对立统一的关系。例如：只有营养物质丰富，才能为人体充分发挥各项功能提供充足的能量；同时，只有功能正常，人体才能够从外界摄取足够的营养物质，并将其转化为可被人体利用的能量。

(2)观阴阳识病因。当人体保持一种健康的状态时，人体中无论是生理结构中的阴阳，还是生理活动中的阴阳都处于相对平衡的状态，阴阳相互协调。若人体发生病变，则很可能是由于在某种因素的影响下，导致阴阳失调，对人体健康造成不利影响。常见的阴阳失调主要是偏盛和偏衰两种状态。根据阴阳是此消彼长的关系这一原理，有偏盛则有偏衰。若阴偏盛，则必会导致阳偏衰；若阳偏盛，则必会导致阴偏衰。偏盛包括阳盛和阴盛两部分，其中阳盛的主要症状为浑身发热、面部发红、小便黄赤、口干舌燥等；阴盛的主要症状为畏寒、四肢发冷、面色苍白、腹部疼痛等。偏衰包括阳衰和阴衰两部分，阳衰的主要症状表现为畏寒、喜温、大便稀薄等；阴衰的主要症状表现为浑身虚热、盗汗等。在中医学上，可以根据偏盛、偏衰的不同状态，找到病因，并依照病因，选择合适的治疗方法，以调节阴阳失调。例如，可以用泻阳来治疗阳盛，用泻阴来治疗阴盛；用滋阴来治疗阴衰，用壮阳来治疗阳衰。

(3)中药也分阴阳。中医治疗疾病主要依靠药物治疗、针灸治疗、按摩治疗等方法，药物治疗是中医治疗疾病的一个主要治疗方法。不但人体有阴阳，药物也有阴阳。例如，药物性味中的温、热、辛、甘、淡为阳，而寒、凉、苦、酸、咸为阴，应拫据药物的阴阳属性不同来治疗不同类型的疾病。例如，治疗阴盛，则适宜选择属阳的药物；治疗阳盛，则适宜选择属阴的药物，以协调人体内失调的阴阳。